L’article 244 quater B du Code général des impôts dispose, en effet, que « II. Les dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d’impôt sont : (…) b) Les dépenses de personnel afférentes aux chercheurs et techniciens de recherche directement et exclusivement affectés à ces opérations ». En outre, l’article 49 septies G de l’annexe III au CGI précise que « dans le cas des entreprises qui ne disposent pas d'un département de recherche, les rémunérations prises en compte pour le calcul du crédit d'impôt sont exclusivement les rémunérations versées aux chercheurs et techniciens à l'occasion d'opérations de recherche ».

 

Dans une telle hypothèse, la doctrine administrative prévoit de prendre en compte les salaires des chercheurs et techniciens affectés à temps partiel au prorata du temps consacré aux opérations de recherche et elle exige que les entreprises puissent établir le temps réellement et exclusivement passé à ces opérations, excluant toute détermination forfaitaire (Instr. 21 janv. 2000, BOI 4 A-1-00, n° 45 et 46).

 

Or, les entreprises peuvent rencontrer des difficultés pour justifier avec suffisamment de précision ces dépenses de personnel.

 

S’agissant de l’éligibilité au CIR, le Conseil d'État a adopté un régime de preuve objective (CE, 9 févr. 2005, n° 250920, SA Noirot-Manutention : RJF 5/05 n° 484, concl. P. Collin BDCF 5/05, n° 65). Ce n’est donc pas aux entreprises qu’il appartient d’établir qu’elles sont éligibles à ce dispositif, ni d’ailleurs à l’administration de prouver qu’elles ne le sont pas, mais c’est le juge de l’impôt qui détermine ce qu’il en est, au vu de l’instruction qu’il conduit.

 

C’est ce régime de preuve que le présent arrêt de la Cour administrative d'appel de Versailles applique à la détermination du montant des dépenses éligibles, notamment des dépenses de personnel. Une telle solution a le double avantage de la simplicité et de ne pas introduire en matière de CIR deux régimes de preuve différents, selon que sont en cause l’éligibilité elle-même et la justification des dépenses. Toutefois, elle ne s’impose pas avec évidence dès lors que seule l’entreprise disposant des éléments nécessaires pour justifier les dépenses en cause, il ne serait pas anormal de faire reposer sur elle la charge de la preuve. Il conviendra donc d’attendre une décision du Conseil d'État pour savoir si cette solution favorable aux entreprises est confirmée.

 

Rappelons aussi qu’un régime de preuve objective ne signifie pas que l’entreprise n’est pas tenue de fournir le maximum d’éléments pour étayer sa thèse. Elle signifie seulement que le juge se déterminera objectivement à partir des éléments fournis par chacune des parties, mais l’entreprise doit évidemment faire tout son possible pour convaincre celui-ci.

 

Ainsi, dans la présente espèce, la cour a admis que les justifications fournies par la société Bouygues étaient suffisantes. Celle-ci avait produit « des états faisant apparaître le nom des salariés concernés, leur qualification, leur salaire, la part du temps de travail consacré par chaque agent aux travaux de recherche, par projet ». Il faut rapprocher cette solution de celle adoptée par la Cour administrative d'appel de Marseille, qui a admis comme suffisants « des tableaux indiquant pour les années en litige et pour chacune des personnes employées à temps plein ou à temps partiel ayant participé au travail de recherche, le nombre de journées consacrées à la recherche par opérations effectuées sur les projets, en excluant les périodes de vacances, de formation et celles d’intégration à l’entreprise pour les nouveaux salariés » (CAA Marseille, 7 juill. 2005, n° 00-374, SA Nemausic : RJF : 5/06 n° 503) et de celle adoptée par la Cour d’appel de Lyon, qui a refusé le bénéfice du CIR au motif que la société s’était bornée «  à produire des tableaux faisant apparaître le nombre de jours qu’auraient consacré, en 1987 et 1988, aux travaux de recherche allégués, quatre membres du personnel, sans justifier la réalité et le détail du temps qu’ils auraient effectivement passé à de telles opérations » (CAA Lyon, 11 déc. 1996, n° 99-251, Sté Sigem : RJF 2/97 n° 111).

 

Le rapprochement de ces trois décisions démontre à quel point, même dans un régime de preuve objective, la solution du litige dépend de la capacité de l’entreprise à présenter avec précision et rigueur les dépenses qu’elle veut déduire. Entre les tableaux acceptés par la Cour d’appel de Versailles dans la décision ici commentée et par celle de Marseille, et ceux refusés par la Cour d’appel de Lyon, il n’existe probablement pas de différence fondamentale de nature mais plutôt une différence de présentation et de sérieux. Il est vrai que dans les deux cas où le juge a admis les justifications fournies par l’entreprise, il a pris soin de souligner que le ministre se contentait d’affirmer que les éléments apportés par la société étaient insuffisants, sans fournir pour sa part aucun élément probant.

 

On ne soulignera donc jamais assez l’importance, en l’absence de département de recherche, du suivi détaillé des personnels concernés et du temps consacré par chacun d’eux aux projets de recherche, qui seul permettra de justifier avec suffisamment de précision les dépenses donnant droit au crédit d’impôt.