Dans leur rédaction initiale, le d) et le d bis) du II de l’article 244 quater B, prévoient qu’ouvrent droit au CIR les dépenses sous-traitées :

- à des organismes de recherche publics ou à des universités : dans ce cas, les dépenses sont prises en compte pour le double de leur montant s’il n’existe pas de lien de dépendance entre l’entreprise et l’organisme en cause ;
- à des organismes de recherche privés ou à des experts scientifiques ou techniques, agréés par le ministère de la Recherche : dans ce cas, les dépenses sont incluses pour leur montant réel.
 
Le d ter) plafonne les dépenses ainsi prises en compte à 2 millions d’euros, portés à 10 millions d’euros lorsque ces opérations de recherche sont confiées à des organismes publics ou privés qui n’ont pas de lien de dépendance avec l’entreprise. Ces 10 millions d’euros sont eux-mêmes majorés de 2 millions supplémentaires lorsque ces opérations sont confiées à des organismes publics ou des universités également sans lien avec l’entreprise.
 
L’article 27 de la loi de finances pour 2009 a ajouté au d) « les fondations reconnues d’utilité publique du secteur de la recherche  » agréées par le ministère de la Recherche. Alors même que ces fondations sont des personnes de droit privé, elles ouvrent droit comme les organismes de recherche publics au plafond de 10 millions d’euros et à la majoration de 2 millions d’euros.
 
Sont ainsi visées des fondations telles l’Institut Pasteur ou l’Institut Curie.
 
Cette disposition entre immédiatement en vigueur. Elle est donc applicable au crédit d’impôt calculé au titre de l’année 2008, imputable sur l’impôt sur le revenu dû au titre de 2008 ou sur l’impôt sur les sociétés dû au titre des exercices clos depuis le 31 décembre 2008.
 
L’article 101 de la même loi de finances a également remplacé au d) le terme « universités » par l’expression « établissements d’enseignement supérieur délivrant un diplôme conférant un grade de master, des fondations de coopération scientifique et des établissements publics de coopération scientifique ».
 
La catégorie des établissements d’enseignement supérieur est plus large que celle des universités puisqu’elle inclut, outre celles-ci, les grandes écoles, les grands établissements qui sont des établissements publics mais aussi les établissements d’enseignement supérieur privés et les établissements d’enseignement supérieur spécialisés (dans les domaines agricole, vétérinaire, culturel, les écoles de commerce, les écoles nationales des mines, etc.).
 
Cette disposition n’est applicable qu’aux crédits d’impôt calculés au titre des dépenses de recherche exposées depuis le 1er janvier 2009.
 
Illustration  : Une entreprise B sous-traite une partie de ses opérations de recherche à trois opérateurs différents :
- à l’une de ses filiales, la société X, pour 5 M€ ;
- à une fondation reconnue d’utilité publique pour 1 M€ ;
- à une entreprise indépendante Y pour 9 M€.
L’entreprise B n’a pas de lien de dépendance avec la fondation reconnue d’utilité publique. Par ailleurs, la filiale X et l’entreprise indépendante Y ont été agréées par le ministre chargé de la Recherche. Pour le calcul de son crédit d’impôt, l’entreprise peut prendre en compte dans la base de calcul le montant des dépenses suivantes :
 
  Sous-traitance privée Sous-traitance "publique" TOTAL
Filiale Entreprise indépendante Fondation
Dépenses sous-traitées 5 M€ 9 M€ 1 M€ 15 M€
Dépenses sous-traitées prises en compte dans la base de calcul avant plafonnement 5 M€ 9 M€ 2 M€¹ 16 M€
Dépenses sous-traitées prises en compte dans la base de calcul après plafonnement 2 M€ 8 M€ 2 M€ 12 M€

¹ Dépenses prises en compte pour le double de leur montant.